제주특별자치도 예산안은 도지사가 편성해 도의회에 제출한 뒤 상임위원회와 예산결산특별위원회 심사를 거쳐 본회의에서 의결되면 확정된다. 집행부가 마련한 안이 그대로 확정되는 것은 아니며, 심사 과정에서 조정될 수 있다.

「지방자치법」 제142조에 따라 도지사는 새 회계연도 시작 50일 전까지 예산안을 제출해야 한다. 시·도의회는 회계연도 시작 15일 전까지 이를 의결해야 한다. 제주도의 예산안도 이 법정 기한에 맞춰 심사된다.

예산안이 의회에 접수되면 소관 상임위원회가 담당 부서별 예산을 살펴 예비심사를 한다. 이후 예산결산특별위원회가 상임위 심사 내용을 바탕으로 전체 예산을 종합 심사하고, 사업별 금액을 조정한다. 제주도의회 회의규칙은 제출된 의안을 소관 상임위원회에 회부하도록 정하고 있으며, 2026년도 예산안 심사에서도 상임위와 예결위의 심사·계수조정이 진행됐다.

예결위 심사 결과는 본회의에 보고되고, 의원들의 의결을 거쳐 최종 확정된다. 다만 도의회는 도지사의 동의 없이 지출예산 각 항의 금액을 늘리거나 새 비용 항목을 설치할 수 없다. 「지방자치법」은 도지사가 제출한 예산안의 수정안을 다시 낼 수 있는 절차도 규정한다.

새 회계연도가 시작될 때까지 예산안이 의결되지 않으면 전년도 예산에 준해 제한된 경비를 집행할 수 있다. 법령이나 조례에 따라 설치된 기관·시설의 유지·운영비, 법령상 또는 조례상 지출 의무, 이미 예산으로 승인된 사업의 계속에 필요한 경비가 여기에 해당한다.

절차의 한 사례로 2026년도 제주특별자치도 예산안은 2025년 11월 도의회에 제출된 뒤 상임위원회와 예결위 심사를 거쳐 같은 해 12월 10일 본회의에서 의결됐다.