모기유충 방제는 환경적 방제와 화학적 방제, 생물학적 방제법 등이 있다.

환경적 방제는 유충서식 장소가 되는 웅덩이 등 제거하는 방법이며, 화학적 방제법은 환경에 저독성이면서 모기 유충만을 치사시키는 살충제를 사용하는 방법이고, 미꾸라지 등 천적을 이용한 생물학적 방제법이 있다.

현재 동부보건소에서는 환경에 저독성인 살충제를 이용하여 인구밀집지 3개소 및 물웅덩이 27개소, 정화조 6개소, 하수구 13개소에 대하여 주 1회 방역활동을 추진하고 있으며, 특히 갈대밭 12개소, 하천 4개소 연못 4개소 등 총 27개소의 물웅덩이에 대해서도 주기적으로 유충방제를 실시하고 있다.

서귀포시 동부보건소에서는 모기 유충은 정화조, 고인물 등에 서식하므로, 집 주변 빈 깡통, 빈 독 등 인공용기를 제거하거나 정화조 뚜껑 밀폐 등 주변환경 정리를 철저히 할 것을 당부했다.